写在前面

好好学习，走出宿舍，走向毕设！
一些心路历程记录，很少有代码出现
因为鬼知道哪条代码到时候变成毕设的一部分了咧，还是不要给自己的查重挖坑罢了

23.3.6

lammps代码修改

因为学姐要中期答辩了，所以其实周末有帮忙出一些模拟的视频
然后发现、、、预测结果有问题，检查了lammps的模拟语句，将其更改为了：

并且知道了因为郎之万动力学的限制，需要先运行一些步数使得系统达到稳定，再进行升温
G的进展，依旧不顺利

23.3.7

如何暴力地算出静态结构因子G

在学长的带领下开始找G的出处，又找了上周找到的那篇文章：
[1] Bagchi K , Andersen H C , Swope W . Computer Simulation Study of the Melting Transition in Two Dimensions[J]. Physical Review Letters, 1996, 76(2):255-258.

学长看懂了，给我讲了几遍，我大概也听懂了，从操作上来说，模的取值，就是把

即可。原因的话就在于这篇文章中的模拟系统的量纲都很好地归一化了。
至于后面提到的晶体倾斜的可能性，就按照论文里说的，在0-120度范围内，随机取wave factor的方向（做法同老板给我画的图，简单三角函数应用罢了）

然后求平均。
不过把这个方法汇报给老板以后，老板emo了，觉得这样做是对的，很优雅，但是我的生产力跟不上这么严谨的做法，直接取60度就完事了。

把老板教的整理一下，就是：

模拟

为了给学姐提供背景一致的trainning data，晚饭前又相继运行了100K和70000K温度下的模拟，将数据整理为了图片，打包发给了学姐~

一些之前的工作的整理方案

固相、液相的g（r）图片
↓
固相、液相的psi6图片
↓
固相、液相的g6（r）图片
↓
固相、液相的FFT图片
↓
固相、液相的gG( r )图片
这样一来，论文，或者说中期答辩的思路，就清楚多啦

23.3.8

从lammps的raw data（position）出发，提取每一帧的温度

物理原理，EZ

实际操作的时候，第一遍又翻车咧~
错误代码片段：

r = r/9360#平均距离
v = r/dt#分子平均速率

因为最后求的是v² 的平均值，所以应当求出所有v² 后再进行平均
一顿操作之后，数值准了好多
注意：此处统计了全部区域的运动轨迹，由于周期性边界条件的存在，一些颗粒的图上距离小于实际距离
这个问题在之前就有提及：
所以理论上来说，计算全部区域的粒子运动轨迹，平均距离增大，v² 较大，因此温度会大一些
至于具体大多少，不是很方便验证。因为提取前一帧和后一帧的中心区域来看，粒子的id可能不同，能够统计的样本太少，可能对结果造成一定的影响（说人话：有时间再搞，老板就急着要看温度上升的曲线，目前不是很在意定性的结果）
在这边提出一个可能可以行得通的办法

1. 查询全部帧中中心区域的粒子号码
2. 将前后两帧中均存在于中心区域的粒子号筛选出
3. 对这些粒子进行计算
4. 与全局计算的温度进行比较
   我个人认为，这是有必要的，因为hexatic phase存在的区域极小，即其存在的温度区间也很小。最好不要引入过多的误差为妙。

gG( r )图片绘制

一直在拿着练习的2000K的第一帧图，有眉目了
像，但是不一定对

明天得把中心颗粒计数、从g（r）寻找颗粒间距的函数、计算G的函数，一共仨函数都嵌入主程序中，以达到从任一csv文件出发都能一步到位出图的目的。

一些未完成的事物

• 整理之前的代码
• G计算
• G计算的验算与完善
• 模拟温度处理
• 模拟温度处理的验算
• g（r）图片归一化